首先综合治理是以生态系统为墓础的，有害生物是农业生态系中的一个组成部分，其发生消长与所处的多种环境因素是息息相关的，在有害生物不同种之间，也可能有相互影响和作用，因此，综合治理不光是考虑整个生态系统的。

对于害虫来说，它要研究生态系统中其他组分对害虫的影响，特别是这些组分的改变如何影响害虫数量的改变，它同时也研究害虫数量的变化，防治害虫不只是对付害虫，而是从调节生态系统中的各组分的相对虽出发来控制害虫的为害，这是和过去任何一种害虫防治策略都不相同的。另外不同种类的防治方法各有其优点，但也有一定的缺点和局限性，因此，不应单纯依靠哪一类措施，而应选用不同的、必要的、适当的措施，协调运用，互相补充，而且在多战术时，必须使这些战术与自然控制力量相协调，尽最使之增强效能，至少，我们人工加上去的防治措施不能与自然控制力量相矛盾，凡是有消弱或抵消这自然控制力量的方法，都不能采用，这些恰恰是过去防治策略中所忽视的。然后就是经济效益、社会效益及生态效益全盘考虑，没有一种害虫防治策略不考虑经济效益，防治害虫就是为了收益，假如防治的费用大于收益，那就不值得进行防治了，因此，害虫综合防治也同样考虑经济效益，井且还十分强调，在达不到经济阈值时不进行防治，同时，综合治理还考虑到害虫防治的生态效益和社会效益，这也正是过去单纯依赖杀虫剂的防治策略所没有考虑到的，因此，害虫综合治理必须考虑费用与受益之比和受益与为害之比这两个重要的实际问题，而后一个问题就是考虑生态效益和社会效益。

最后就是综合治理的目的是控制种群数量，而不是灭种害虫的存在并不一定造成虫害，关键是害虫发生的数量，综合治理的要求是控制有害生物的种群数量在经济允许水平以下，而且提出了对可不造成经济为害的少量害虫容忍它们存在，这对保护和加强自然控制力量(特别是害虫的天敌)是极为重要的，同时也维持了生态的多样性，有利于生态平衡和稳定。